入学方式不同。单证在职研究生：先入学后考试。学员可先进入高校参加在职研修班学习，后期符合条件的学员可以报名申硕考试。双证在职研究生：先考试后入学。学员需要先报名12月联考，联考过线且复试通过被录取之后，才有资格进入学校学习。
报考条件不同。单证在职研究生：主要分为两个阶段，在职研修班阶段和申硕考试阶段● 在职研修班阶段：专科以上学历都可以报名研修班学习● 申硕考试阶段：报名申硕考试必须满足本科毕业3年，有学士学位。双证在职研究生：这个是要分为两类专业，不同专业报考条件会有区别。● 大部分的专业：本科应届或专科毕业2年都可以报● 特殊的管理类专业：本科毕业3年或专科毕业5年才可以报考
报考专业不同。单证在职研究生：主要为一些学硕专业。包括：哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、军事学、管理学、艺术学和医学专业学位。医学专业学位主要有三个：临床医学硕士、口腔医学硕士、中医硕士。双证在职研究生：主要是专硕专业，但2018年也增加了不少学硕，也就是上述单证提到的学硕种类。
报考流程不同。单证在职研究生：参加在职研修班学习-申硕考试-论文答辩-拿到证书。双证在职研究生：报名12月联考-学校复试-进入学校学习-论文答辩-拿到证书
考试难度不同；单证在职研究生：5月同等学力全国统考是合格制，考试只考两门：外语和学科综合，一般通过率在70%左右。双证在职研究生：12月联考结束之后，还有学校的复试。整个考试为选拔制，择优选拔，分考的越高越能被录取。考试一般是4门：公共课英语和政治和两门专业课，有的专业公共课是数学，一般考试通过率在30%左右。
学费不同；单证在职研究生：学费一般在2万-4万之间；双证在职研究生：学费一般在5万左右，但是像一些管理类专业MBA等费用较高，一般都在十万左右。
上课方式不同；单证在职研究生：有周末班、假期班和网络班三种学习方式；双证在职研究生：一般都是周末班面授，少部分院校会有假期班。
获得证书不同；单证在职研究生：硕士学位证书双证在职研究生：硕士学位和学历证书
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