加热不均匀是微波炉的通病。
微波是一种高频率的电磁波。微波炉利用其内部的磁控管将电能转化成微波，以2450MHZ的频率振荡频率穿透食物，食物内的极性分子，比如水，蛋白质，脂肪，糖类，即被吸引以2450MHZ的频率做振荡，分子之间互相碰撞产生大量的摩擦热量，微波炉就是利用这种分子本身产生的摩擦热量快速加热食物，因此加热时间很短。
由于食品的种类和各部位初始温度不同，微波加热的升温速度也不相同。因此容易加热不均匀，难以得到温度均一的食品。食物并非是从内部热起来的。微波炉加热的原理是利用水分子的偶极子振荡来实现加热的也就是说，湿的地方加热得快，干的地方加热得慢。如果热量来不及扩散传递，就会冷热不均。
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