1、定义不同。民族区域自治制度，是指在国家统一领导下，各少数民族聚居的地方实行区域自治，设立自治机关，行使自治权的制度。
2、各自目的不同。民族区域自治，是为实现少数民族当家做主，管理本民族内部地方性事务的权力，因此民族区域自治地区的自治权比一般行政区域高。
3、权利范围不同。民族区域自治享有民族立法权、变通执行权、财政经济自主权、文化、语言文字自主权、少数民族干部具有任用优先权。
4、特点不同。一是在国家统一领导下的自治，各民族自治地方都是中国不可分离的一部分。
二中国的民族区域自治，不只是单纯的民族自治或地方自治，而是民族因素与区域因素的结合，是政治因素和经济因素的结合。
高度自治是以中央完整地对特别行政区行使主权为前提的，实行高度自治是以维护国家统一为前提的。“一国”与“两制”的正确关系应当是在坚持“一国”的前提下，允许一些地区实行不同的制度，为了维护国家主权，为了香港长期繁荣稳定，有关国防、外交等权力必须由中央政府保留。
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