同工同酬与编制的区别主要有，事业单位在编人员，与单位确认的是人事关系，而不是劳动关系，所以在编人员的待遇不是按照《劳动法》调节的。而是依据《事业单位在编人员管理条例》，其入职条件、学历、经历与合同制人员不一致，而且事业单位在编人员的工资组成包括：基本工资绩效工资。基本工资=岗位工资薪级工资+职称工资。而职称工资是评聘结合的，所以工资组成不一样，因此同工缺乏依据。
根据《劳动法》里的同工同酬指的是合同制人员的同工同酬，合同制人员与劳务派遣人员的同工同酬，合同制人员、劳务派遣人员与单位确认的是雇佣关系而不是人事关系，其待遇依据《劳动法》，其待遇在录用方式、劳动报酬来源、适用法律上与事业单位在编人员不同。
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